Halo The Fall Of Reach, Mjolnir Projesi kapsamında çocukların asker olarak yetiştirilmesini ve insanlığın uzayda karşılaştığı ilk büyük tehdidi anlatıyor. Doktor Catherine Elizabeth Halsey, küçük yaşta toplanan çocuklara özel ilaçlar uygular ve onları daha güçlü, daha dayanıklı hale getirmeye çalışır. Ancak bu süreç her çocuk için aynı sonuçlanmaz, bazıları ağır yan etkilerle karşılaşır. Dayananlar ise sıkı eğitimlerden geçer ve üst düzey savaşçılara dönüşür. John ve diğer çocuklar, yıllar süren hazırlığın ardından görev için sahaya çıkar. Tam proje tamamlanmadan, bir komuta gemisi uzayda dev bir yabancı geminin saldırısına uğrar. İnsanlar bu yeni düşmanı tanımaz ve John, henüz hazır sayılmadan bu tehditle yüzleşmek zorunda kalır.