Cadılar Bayramınız Kutlu Olsun Scooby-Doo!, Scooby-Doo ve Gizem Şirketi’nin Cadılar Bayramı gecesinde bir kasabada patlayan korkuluk tehdidiyle uğraşmasını anlatıyor. Ekip, kasabada yayılan paniğin ortasında Elvira ve Bill Nye ile birlikte hareket ediyor. Frank Welker'in ses verdiği Scooby-Doo, Shaggy, Daphne ve Velma ile birlikte büyük balkabağının çevresinde başlayan zehirli sızıntıyı durdurmaya çalışıyor. Bu sırada sarı dronlar binalardan korku gazı kutuları taşıyor ve geçit töreni bir anda duruyor. Daphne, doktor Crane’e Korkuluk’un ünlü sözünü söyletmeye uğraşıyor, ama adam bundan kaçınıyor. Kasaba halkı ekibi kahraman gibi karşılıyor, ancak bölge federal suç mahalline dönüyor ve şerif alanı kapatıyor. Shaggy ile Scooby, patlayan dronları şekerlerle durdurmaya çalışırken işler iyice karışıyor.