Hellboy Animated: Sword of Storms, Hellboy’un bir samuray kılıcı yüzünden ruhlar ve canavarlarla dolu başka bir dünyada kaybolmasını anlatıyor. Bir folklor profesörü, Thunder ve Lightning adlı eski Japon iblislerinin etkisine girer. BPRD ekibi olayı incelemek için harekete geçer, ama Hellboy büyülü kılıca dokununca kendini feodal bir kargaşanın içinde bulur. Liz Sherman ateşiyle bir ejderhayla savaşırken, Abe Sapien ona yardım etmeye çalışır. Hellboy ise yabancı topraklarda yolunu arar, yanına çıkan ruhlarla ve yaratıklarla uğraşır. Professor Kate Corrigan ve Kitsune de bu karışık yolculukta iz sürmeye devam eder.