Hesaplaşma'da, Michael Jennings büyük firmalar için tersine mühendislik işi yapmaktadır. Milyarder James Rethrick ona yeni bir teklif sunar, Michael da işi kabul eder. Çalışmaya başlamadan önce kişisel eşyalarını teslim etmiştir, ardından hafızası silinmiştir. Üç yıl sonra uyandığında 90 milyon dolar kazandığını öğrenmiştir. Ancak paradan vazgeçtiği anlaşılınca eline verilen paketle şaşırır, çünkü içindeki eşyalar başlangıçta bıraktıklarıyla aynı değildir. Michael, FBI tarafından cinayet suçlamasıyla tutuklanınca elindeki ipuçlarını izlemeye başlar. Rachel Porter rolüyle Uma Thurman da bu arayışta onun yanında yer almaktadır. Michael, kayıp zamanı ve kendisine kurulan düzeni çözmeye çalışırken John Wolfe ve Shorty ile de karşı karşıya gelir.