Hitman: Agent Jun'te, başarısız bir webtoon çizeri olan Jun, eski hayatını anlatan bir çizim yayımlıyor ve kısa sürede peşine adamlar düşüyor. Çizdiği hikaye, onun sakladığı gerçekleri ortaya çıkarıyor, Jun da bir anda evinden işine kadar her yerde izleniyor. Kaçarken geçmişindeki görevler peşini bırakmıyor, çünkü bir zamanlar süper casus olarak yaşadığı hayat geri dönüyor. Sang-woo Kwon'un oynadığı Jun, bu kovalamaca içinde neye güveneceğini bilemiyor. Cheon Deok-gyu ve Mi-na da onun yoluna çıkıyor, Cheol ile Kim Ga-yeong ise işleri daha da karıştırıyor. Jun, hem kendini hem de ailesini korumaya çalışırken bu tehlikeli takipten kurtulmak için ne yapacak?