İnsan Kırkayak 2, Martin adlı yalnız bir adamın Dr. Heiter’dan etkilenip kendi insan kırkayak planını kurmasını anlatıyor. Martin, kirli ve dar bir depoda günlerini geçiriyor, kafasında 12 kişilik bir düzen kuruyor. Kurban ararken sokaklarda dolaşıyor, uygun insanları izliyor ve onları tek tek tuzağa düşürmeye çalışıyor. Miss Yennie, Paul, Valerie ve Candy gibi kişiler onun planının içine giriyor. Martin, elindeki malzemelerle hazırlık yapıyor, bedenleri bir araya getirmek için zorla hareket ediyor ve işi adım adım ilerletiyor. Ancak her yeni adım, kontrolü daha da zorlaştırıyor. Martin, kendi dünyasında kapanıp kalıyor ve kurduğu düzen giderek daha korkunç bir hale geliyor.