İsra ve Sihirli Kitap, okul gezisi sırasında gizemli bir kütüphanede masal kitabının içine giren bir kızın, orada hapsolmuş küçük bir çocuğu kurtarma çabasını anlatıyor. Dokuz yaşındaki Isra, raflar arasında dolaşırken tuhaf bir kitap bulur ve sayfaların içinde bir çocuk görür. Onu oradan çıkarmak için kitabın içine atlar ve kendini masallar diyarında bulur. Bu dünyada Bert rolüyle Sven de Ridder ve Mr. Gugle rolüyle Wim Opbrouck gibi isimlerle karşılaşır. Yol boyunca yardım edenler de çıkar, işini zorlaştıranlar da. Isra, çocuğa ulaşmak için farklı hikayelerin içinden geçer, yolunu bulmaya çalışır ve eve dönmenin yolunu arar.