Mughal sarayında Akbar, Rajput prensesi Jodhaa ile siyasi bir evlilik yapar. Başta ikisi de bu birlikteliğe mesafeli yaklaşır, ama sarayın kapıları kapanınca aynı çatı altında yaşamayı öğrenirler. Jodhaa’nın dik duruşu, Akbar’ın dikkatini çeker. İkili arasında güven yavaş yavaş oluşur. Hrithik Roshan’ın yer aldığı bu hikâyede, Jalaluddin Mohammad Akbar, aşkını kabul etmek için aile baskısı, saray planları ve kültürel çatışmalarla uğraşır. Jodhaa ise kendi onurunu korurken bu evliliğin sınırlarını zorlar. Raja Bharmal ve Rani Padmavati, bu yakınlaşmanın etrafında durumu daha da zorlaştırır. Sonunda ikisi, birbirine karşı gerçek duygularını tartmaya başlar.