John Malkovich Olmak, para sıkıntısı çeken bir kuklacının bir ofiste bulduğu gizli geçit sayesinde tuhaf bir hayatın içine girmesini anlatıyor. Craig Schwartz, yetenekli olmasına rağmen geçimini sağlayamamaktadır. Evcil hayvan dükkanında çalışan karısı Lotte ile ilişkisi de zorlanmaktadır. Zorunlu olarak bir şirkette dosyalama memuru olarak işe başlar. Burada Maxine Lund'a ilgi duyar, ancak karşılık bulamaz. Bir gün dolabın arkasında küçük bir kapı fark eder. İçeri girdiğinde kendini John Malkovich'in bedeninde bulur. Bu sıra dışı durum, Craig'in hem işini hem de özel hayatını daha da karmaşık hale getirmektedir.