Joker Game, Japon ordusunda kurulan bir casus eğitimi okulunda geçen bir görev ve çatışma hikayesini anlatıyor. Yuki, ülkesi adına D Kikan adlı bu okulu kurmak için üstlerinin karşısına çıkar ve sert itirazlarla uğraşır. Eğitime alınan gençler, gizlilik, gözlem ve aldatma üzerine çalışır, ama her biri aynı amaçla hareket etmez. Odagiri ve Jitsui gibi isimler, sınıfta hem rekabet eder hem de birbirlerini tartar. Kyoko Fukada, Rin rolünde yer alır. Jiro Kato, bu grubun içinde farklı bir çizgide duran Jiro Kato rolünde KAT-TUN var. Yuki, öğrencileri zorlu görevlerden geçirirken kendi kararlarının bedelini de görür. Dostluklar kurulur, şüphe büyür, bazı adımlar geri dönülmez sonuçlar doğurur.