Kusursuz sibernetik bedeniyle çalışan Major Mira Killian, Section 9 adına tehlikeli hedeflerin peşine düşer. Tokyo’da başlayan iz sürme, Hanka Robotic’i hedef alan saldırılarla büyür. Birden fazla operasyon aynı anda yürür, saldırganlar her hamlede daha ileri gider. Aramaki, Batou ve Togusa ekip halinde sahaya yayılır, ama dosya kısa sürede sıradan bir güvenlik sorunu olmaktan çıkar. Michael Pitt, Kuze rolünde hikâyenin ortasında belirir. Major, peşine düştüğü kişinin yalnızca bir terörist olmadığını anladıkça kendi geçmişini de sorgulamaya başlar. İnsan bedeninin sınırları ile makinenin sunduğu güç birbirine karışır, av ile avcı arasındaki çizgi giderek daralır.