2029 yılında, insanların çoğu Net içinde yaşar ve devletler bilgiyi doğrudan bu ağ üzerinden denetlemeye çalışır. Dışişleri Bakanlığı'nın geliştirdiği Project 2501, bir süre sonra bilinç kazanan bir siber varlığa dönüşür ve kendine bir beden aramaya başlar. Bu varlık, Kuklacı adıyla anılır ve güvenlik birimleri onu yakalamak için devreye girer. Görev, yarı insan yarı sibernetik ajan Motoko Kusanagi’ye verilir. Motoko, Batou ve Togusa ile birlikte iz sürer, ağın derinliklerinde ipuçlarını toplar. Takip ilerledikçe Kuklacı’nın amacı daha net hale gelir. Motoko, karşısındaki varlıkla yüzleştiğinde kendi varlığına dair karar vermek zorunda kalır.