Karanlık Melek, Los Angeles’ta bir polis dedektifi ile bir FBI ajanının, insanları hedef alan gizemli bir uzaylıyı durdurmaya çalışmasını anlatıyor. California çölünde siyah giyimli, başı tıraşlı bir adam yolda giden bir arabayı durdurur ve sürücüyü öldürür. Ardından Los Angeles’taki bir barda uyuşturucu satışı yapılır, ancak alıcılar arasında bir polis de vardır. Tam bu sırada aynı adam bara girer ve ortalık bir anda karışır. Olaydan sonra Det. Jack Caine ve Special Agent Laurence Smith birlikte çalışmaya başlar. Diane Pallone da soruşturmada onlara yardım eder. İz sürerken Bad Alien Talec’in peşlerine düştüğünü anlarlar. Bu sırada Good Alien Azeck de ortaya çıkar ve Jack Caine ile Laurence Smith, saldırıların arkasındaki gerçeği öğrenmek için zamana karşı hareket eder.