Karanlık Sular, okyanusta mahsur kalan genç bir kadının hayatta kalmak için verdiği mücadeleyi anlatıyor. Nancy Adams, tek başına sörf yapmak için ıssız bir koya gider ve kısa süre sonra kendini yaralı halde suyun ortasında bulur. Yakındaki kayalığa tutunur, ama etrafında dolaşan köpek balığı onu karadan uzak tutar. Nancy, sınırlı yiyecek ve suyla zaman kazanırken yardım çağırır, kaçış yolu arar ve her hamlesinde dikkatli davranmak zorunda kalır. Kıyıya ulaşmak için zekasını kullanır, acısını bastırır ve dalgalarla boğuşur. Bu sırada ona uzaktan yardım etmeye çalışan birkaç kişi de durumu fark eder, ama Nancy kendi başına ayakta kalmak zorundadır.