Karanlık Yerler, çocukken ailesinin öldürüldüğünü gören Libby Day’in yıllar sonra o geceyi yeniden araştırmasını anlatıyor. Kansas’taki çiftlik evinde yaşayan Libby, beş yaşındayken annesi ve kız kardeşleri öldürüldüğünde sağ kurtulur. Yıllar sonra parasız kalınca, eski dosyaları kurcalamaya başlar ve olay günüyle ilgili yeni ayrıntılar toplamaya gider. Bu süreçte Nicholas Hoult'un Lyle Wirth'i ona yardım eder, Charlize Theron'un Libby Day'i ise geçmişindeki boşlukları doldurmaya çalışır. Libby, çocukluğunda tanık olduğu korkunç geceyle ilgili konuşur, eski tanıkların peşine düşer ve ailesinin o gün gerçekten ne yaşadığını anlamaya çalışır. Araştırma ilerledikçe Ben Day, Patty Day ve Diondra Wertzner adları yeniden ortaya çıkar.