Kartal Yuvası, Alp ormanlarında bir Amerikan generalini kurtarmak için gönderilen komando ekibinin düşman hattının gerisinde verdiği mücadeleyi anlatıyor. Maj. Smith ve Lt. Morris Schaffer, dağlık bölgede gizlice ilerliyor, kış şartları ve devriyeler yüzünden sürekli durup yön değiştiriyor. Mary Ellison, onlara içeriden bilgi veriyor, fakat verilen emirlerin güvenilirliği kısa sürede şüphe yaratıyor. Col. Wyatt Turner ve Adm. Rolland tarafında ise operasyonun amacı net görünmüyor, ekip her adımda yeni bir engelle karşılaşıyor. Görev ilerledikçe plan bozulan bir baskına dönüşüyor, Smith ile Schaffer eldeki az sayıdaki ipucuyla generali bulmaya çalışıyor.