Katil Ichi, Shinjuku’nun karanlık sokaklarında patronunu öldüren kişiyi arayan Kakihara’nın intikam peşinde koşmasını anlatıyor. Kakihara, sadist bir yakuza tetikçisi olarak iz sürdükçe yer altı dünyasının sert yüzüyle karşılaşmaktadır. Onu yönlendiren izlerin arkasında, çeteleri birbirine düşürmek isteyen eski polis Jijii yer almaktadır. Jijii’nin elindeki Ichi ise akıl sağlığını yitirmiş, ne yapacağı kestirilemeyen bir katildir. Kakihara ile Ichi’nin yolu kesişince sokaklarda kan dökülmeye başlamaktadır. Bu çatışma, Shinjuku’daki suç hesaplarını daha da tehlikeli hale getirmektedir.