Kırmızı Pabuçlu Adam, CIA içindeki bir çekişmede sıradan bir kemancının ajan sanılmasıyla başlayan karışıklığı anlatıyor. Cooper, rakibi Ross’u zor durumda bırakmak için sahte bir operasyon kuruyor. Bu planın ortasına Richard Drew’u yerleştiriyor ve onun kırmızı ayakkabısını dikkat çeken bir işaret gibi kullanıyor. Richard, bir anda izlenmeye başlıyor, peşine adamlar takılıyor. Günlük işlerine dönmeye çalışsa da CIA onu bırakmıyor. Maddy ve Paula ile karşılaştıkça iş daha da içinden çıkılmaz hale geliyor. Richard, neden hedef seçildiğini anlamaya çalışırken kendini casusların, takiplerin ve yanlış anlaşılmaların arasında buluyor.