Komşum Totoro, anneleri hastanede yatan iki kız kardeşin, babalarıyla birlikte kırsaldaki yeni evlerinde büyülü yaratıklarla tanışmasını anlatıyor. Satsuki ve Mei, şehrin gürültüsünden uzak bu eve yerleşir ve çevreyi keşfetmeye başlar. Mei, ormanda Totoro ile karşılaşır, ardından Satsuki de bu tuhaf ve sevimli varlığın izini sürer. İki kardeş kısa sürede ormanın derinliklerinde yaşayan başka yaratıklarla da tanışır. Günler ilerledikçe, kızların oyunları ve merakları onları evin çevresindeki gizli dünyaya daha çok yaklaştırır. Bu sırada babaları, kızlarını yanında tutmaya ve annelerinden gelen haberleri beklemeye çalışır.