Köpek Balığı İstilası 4, Fin’in ailesini korumak için yeniden köpek balıklı bir felaketle karşı karşıya kaldığı hikâyeyi anlatıyor. Fin, eşi April ve yakınlarıyla sakin bir hayat kurmaya çalışır. Ancak gökyüzünde beliren karanlık bulutlar yeni bir tehlikeyi haber verir. Fin, ailesini bir arada tutmak için harekete geçer ve onları güvenli bir yere götürmeye çalışır. Bu sırada eski dostları da yanına gelir. Ortaya çıkan tehdit, önceki saldırılardan çok daha büyüktür. Tüm köpek balıklarının annesi sayılan devasa yaratık uyanır ve herkesin önüne geçer. Fin, Claudia, April, Colonel Gilbert ve Wilford, hem karada hem denizde bu yaratığı durdurmak için birlikte mücadele eder.