Köstebek, FBI ajanı Nate Foster’ın beyaz üstünlükçü bir gruba gizlice sızma görevini anlatıyor. Nate, yeni kimliğiyle gruba yaklaşır, liderler Dallas Wolf ve Gerry Conrad ile ilişki kurar, onların güvenini kazanmak için dikkatli davranır. Toplantılara katılır, konuşmaları dinler ve örgütün nasıl hareket ettiğini anlamaya çalışır. Zamanla grubun bir terör saldırısı hazırladığını öğrenir. Bu bilgiyi merkeze ulaştırmak için risk alır, ama attığı her adım açığa çıkma tehlikesini artırır. Angela Zampino ve Tom Hernandez de operasyonun içinde yer alırken, Nate kendini daha daralan bir çemberin ortasında bulur. Peki kimliği ortaya çıkmadan saldırıyı durdurmayı başarabilecek midir?