Köstebekya’nın organik ata tohumları birer birer ortadan kaybolur, Deniz ve Arda iz sürmek için yola çıkar. Aysun, Asistos ve Umut da onlara katılır, ekip son kalan tohumu Profesör Ali Cengiz Kapkara’dan önce bulmaya çalışır. Deniz ve Arda, köstebeklerin yer altı geçitlerinde ipuçları toplar, eski depoları ve gizli alanları arar. Ancak Profesör Ali Cengiz Kapkara’nın planı onları sürekli bir adım geride bırakır. Yol boyunca ekip birbirine güvenmeyi öğrenir, yanlış izleri ayıklar ve Köstebekya’yı korumak için hızla hareket eder. Sonunda ellerinde kalan tek tohum için zamanla yarışırlar.