Kötü Eğitim, İspanya'da bir katolik okulunda okuyan iki çocuğun yıllar içinde yaşadıkları korku, aşk ve sinema merakını anlatmaktadır. Ignacio ile Enrique, okulda Peder Manolo ile yakın temas kurmaktadır. Peder Manolo, onların hayatına hem tanık olmakta hem de müdahil olmaktadır. Yıllar sonra üçü 70'lerde ve 80'lerde aynı mekanda yeniden karşı karşıya gelmektedir. Bu buluşmalar, geçmişte yaşananların yeniden açılmasına neden olmaktadır. Olaylar, birinin yaşamını ve ölümünü belirleyen sonuçlara doğru ilerlemektedir.