Küçük Askerler'de, Alan babasının oyuncakçı dükkânında asker oyuncaklarla vakit geçirirken, Commando Elite ile Gorgonitler canlanıyor. Alan önce bunun bir oyun olduğunu sanıyor, ama çiplere gizli askeri yazılım yüklenmiş olduğu için oyuncaklar birbirine saldırmaya başlıyor. Gil Mars, bu üretimi pazarlamak için baskı kuruyor. Phil Fimple, evin içinde olup biteni anlamaya çalışıyor. Christy de Alan'ın peşine takılıp bu garip savaşın ortasında kalıyor. Küçük oyuncaklar evin içinde ilerliyor, kapılar kapanıyor, tuzaklar kuruluyor. Alan şimdi onları durdurmanın yolunu arıyor. Peki bu evde başlayan savaş, kimse fark etmeden büyüyen bu çatışma nasıl duracak?