Küçük Kardeşim 3, Little ailesinin şehirden uzaklaşıp ormanın içinde hayatta kalmaya çalışmasını anlatıyor. Stuart, burada utangaç kokarca Reeko ile karşılaşır ve ondan doğada nasıl ayakta kalacağını öğrenmeye başlar. Snowbell ise çevrede dolaşan Monty’ye ulaşır ve ondan yardım ister. Ancak orman sandıkları kadar sakin değildir, büyük bir tehlike aileyi adım adım izler. Stuart yolunu bulmaya çalışırken işler sık sık ters gider. Little ailesi, ormanın içinde peş peşe gelen tehlikelerle yüzleşir ve herkes kendi yolunu arar.