Yirmi yıl önceki zaferin ardından insanlık dünya çapında ortak bir savunma kurar ve Ay’da bir üs inşa eder. Jake Morrison burada görev yapıyor, David Levinson ise uzaydan gelen yeni bir yardım çağrısını inceliyor. Bu çağrı, eski düşmanın geri döndüğünü ve bu kez çok daha güçlü olduğunu gösterir. Patricia Whitmore ve Dylan Hiller, saldırı başladığında dünyanın farklı noktalarında hayatta kalmaya çalışır. Şehirler hedef olur, üsler düşer, askerler ve bilim insanları Ay’dan gelen tehdide karşı birlikte hareket eder. President Whitmore yeniden görevin başındadır ve dünya, ikinci bir istilaya hazırlanırken zaman daralır.