Graham Annable ve Anthony Stacchi, Kutu Cüceleri dünyasını tuhaf ama sıcak bir maceraya taşıyor. Peynirkent adlı kasabada yaşayan insanlar, yeraltında dolaşan Kutu Cüceleri’nden korkuyor. Oysa bu küçük topluluk, eski karton kutulardan yaptıkları evlerde yaşıyor ve kimseye zarar vermiyor. Eggs'e hayat veren Isaac Hempstead Wright, bu düzenin içinde büyüyen bir çocuk olarak onların yanına sığınıyor. Bir gün kasabanın adamları onu aramaya başlayınca Eggs, yer üstüyle yer altı arasında kalıyor. Winnie Portley-Rind, ona yardım etmeye çalışıyor. Bu sırada Snatcher, Kutu Cüceleri yakalayıp kendi çıkarı için kullanmanın peşine düşüyor. Eggs, hem kendi yerini bulmaya hem de peşindeki tehlikeden kurtulmaya çalışıyor.