Shaun ve sürüsü, Mossingham’da sakin bir gün geçirirken gökyüzünden düşen bir UFO ile karşılaşır. Çiftçi John ve Bingo, gemiden inen uzaylıyı görünce korkup uzaklaşır. Shaun, Lu-La adını taşıyan bu uzaylıyla tanışır ve onu çiftlikte saklamaya çalışır. Ancak işler kısa sürede karışır, çünkü Shaun’un yaptığı bir hata tarlayı ekin çemberlerine çevirir ve çiftlikte hasar bırakır. Çiftçi John, yeni bir biçerdöver almak için uzaylı temalı Farmageddon parkını kurmaya karar verir. Bu sırada Agent Red, UFO söylentilerini izler ve John ile Bingo’yu sorguya çeker. Shaun ve Lu-La, kaybolan gemiyi bulmak için yola çıkar. Lu-La, yol boyunca gemisini ve kendi geçmişini hatırlamaya çalışır, Shaun da onu korumaya uğraşır.