Lego DC Adalet Takımı: Gotham City'de İsyan, Batman'in Gotham City'den kısa bir süre uzaklaşırken Bane ve Deathstroke gibi eski düşmanlarla yeniden karşılaşmasını ve Adalet Birliği'nin şehri korumaya çalışmasını konu alıyor. Batman, dinlenmek için yola çıkıyor. Batgirl ve Nightwing, onu eski bir akıl hocasını görmeye ikna ediyor. Bu sırada Adalet Birliği, Gotham'da düzeni sağlamaya çalışıyor. Şehirde devriye gezen ekip, birkaç Genç Titan'ın desteğini alıyor. Ancak Bane ve Deathstroke ortalığı karıştırınca planlar aksıyor. Batman, Batgirl ve Nightwing kendi düşmanlarıyla uğraşırken, Gotham'daki mücadele daha da zorlaşıyor. Adalet Birliği de şehri ayakta tutmak için elinden geleni yapıyor.