LEGO DC Süper Kahramanlar - Aquaman: Atlantis'in Öfkesi, Aquaman'in Atlantis tahtını korumak için kara, hava ve denizde verdiği mücadeleyi anlatıyor. Aquaman, Mera ile birlikte saldırılara karşı koyar, Orm Marius da taht için fırsat kolluyor. Bruce Wayne, Adalet Birliği adına olaya dahil oluyor, Atrocitus ise çatışmayı daha da büyütüyor. Kahramanlar Atlantis'in derinliklerine iner, orada onları bekleyen tehlikelerle yüzleşir. Aquaman, halkını korumak için savaşırken, Mera ona destek olur ve Orm Marius'un planları karşısında durmaya çalışır. Adalet Birliği üyeleri de farklı cephelerde mücadele ediyor ve Atlantis'i ayakta tutmak için güçlerini birleştiriyor.