Madagaskar Penguenleri, Çavuş, Kovalski, Rico ve Asker’in yeni bir casusluk örgütüne katılıp dünyayı ele geçirmeye çalışan bir düşmanı durdurma çabasını anlatıyor. Ekip, Özel Ajan adlı yapılanmanın içine girer ve Kuzey Rüzgarı ile birlikte çalışmaya başlar. Hedefleri, Dr. Octavius Brine’ın planlarını bozmak ve onu yakalamaktır. Penguenler, görev için farklı yerlere gider, ipuçlarını takip eder ve birçok tehlikeyle karşılaşır. Brine, onları yanıltmak için hamleler yapar, ekip de bu tuzaklara karşı kendi yöntemlerini kullanır. Çavuş komut verir, Kovalski plan kurar, Rico gerekli anda işe yarayan araçları çıkarır, Asker ise görevde onlara ayak uydurmaya çalışır.