Madagaskar Penguenleri Yılbaşı, Central Park hayvanat bahçesindeki penguenlerin Noel için hediye ararken kaybolan küçük arkadaşlarını kurtarmaya çalışmasını anlatıyor. Penguenler yılbaşı hazırlığı yaparken Private, Ted adlı kutup ayısının yalnız kaldığını fark ediyor ve ona bir armağan bulmak için tek başına dışarı çıkıyor. Manhattan sokaklarında dolaşırken Nana adlı sert bir kadın onu yakalıyor. Skipper, Kowalski ve Rico hemen peşine düşüyor, iz sürerken Private’in Nana tarafından satın alındığını öğreniyorlar. Tom McGrath'ın Skipper'ı ekibi yönetirken, penguenler Nana'nın evine gizlice giriyor. Evde Bay Chew adlı köpekle karşılaşıyorlar, kısa bir kovalamaca ve arbede yaşanıyor. Sonunda çıkış yolunu bulup geri dönmeye hazırlanırken, Ted için uygun hediyeyi de ele geçiriyorlar. Peki, bu geceyi herkes için kurtarmayı başaracaklar mı?