Masum Sanık Roger Rabbit, Eddie Valiant'ın Toontown'da işlenen bir cinayetin peşine düşüp Roger Rabbit'i kurtarmaya çalışmasını anlatıyor. Eddie, Marvin Acme'nin Jessica Rabbit ile ilişkisini kanıtlamak için görevlendirilir. Ancak Acme öldürülünce suç Roger Rabbit'in üstüne kalır. Jessica, kocasını korumaya çalışırken Eddie de onu aklamak için dosyayı kurcalar. Bu sırada Yargıç Doom, ikisini de sıkıştırır ve Roger'ın üstüne daha çok gider. Eddie, ipuçlarını Toontown sokaklarında toplar, Roger ise bir yandan saklanır bir yandan peşindeki tehlikeden kaçmaya çalışır.