Mega Shark vs. Crocosaurus'te, okyanusta ortaya çıkan dev megalodon, bir crocosaurus ile karşı karşıya geliyor ve etrafta ne varsa parçalıyor. ABD ordusu bu iki yaratığı durdurmak için harekete geçiyor, ama attığı adımlar yeterli olmuyor. Jaleel White'ın oynadığı Dr. Terry McCormick, olayları çözmeye çalışırken Sarah Lieving'in oynadığı Agent Hutchinson da sahadaki hareketliliği izliyor. Nigel Putnam ve Admiral Calvin, askeri planları devreye sokuyor, ancak canavarların saldırıları hız kesmiyor. Jean de bu yıkımın içinde hayatta kalmaya çalışıyor. Şehirler, yollar ve deniz hattı peş peşe zarar görüyor, insanlar panik içinde kaçıyor. Peki, bu ölüm kalım savaşında kim ayakta kalmayı başaracak?