İki çocuk, gezegenleri kara deliğe çekilirken uzaya fırlatılır. Biri Metro Man olur, diğeri hapishaneye düşer ve Megazeka’ya dönüşür. Metro City’de suç işler, Roxanne Ritchi’yi kaçırır ve Metro Man’i yok etmeye çalışır. [Will Ferrell]'un Megazeka'sı, planı bozulan bir düşman gibi kendi başarısına şaşırır. Metro Man müzesinde işler değişir, çünkü Megazeka yeni bir rakip yaratmaya karar verir. Bu kez hedefi, sıradan görünen ama güç kazanması için gözünü diktiği Tighten’dır. Minion ona yardım ederken, Roxanne de gerçek tehdidin peşine düşer. Şehirde oyun büyür, Megazeka ise kurduğu düzenin içinde yeni bir sorunla karşılaşır.