Mısır Çocukları 2, John Garrett ile oğlu Danny'nin Gatlin kasabasına gidip burada yaşanan garip olayları araştırmasını anlatıyor. Kasabaya vardıklarında terk edilmiş görünen yerleşimin çevresinde mısır tarlaları uzanır ve kısa sürede bölgede yaşayan çocukların yabancılara karşı kapalı bir topluluk kurduğunu fark ederler. John, kasabada olup biteni anlamaya çalışırken Danny yeni tanıştığı çocuklarla yakınlaşır. Ancak Micah adlı çocuk, yabancıları tehdit olarak görür ve kasabadaki düzeni kendi kurallarıyla korumaya çalışır. John ile Danny, Gatlin'de eskiden kalma inançların hâlâ sürdüğünü ve tehlikenin sandıklarından daha yakın olduğunu anlar.