Night at the Museum: Kahmunrah Rises Again, Doğa Tarihi Müzesi’nde gece nöbetine başlayan Nick Daley’nin, unutulan bir kapı yüzünden eski düşman Kahmunrah’ı yeniden uyandırmasını konu alıyor. Nick, müzeyi korumak için hızla harekete geçmektedir. Kahmunrah, Ölüler Ordusu ile birlikte müzenin kontrolünü ele geçirmeye çalışmaktadır. Nick’e Teddy, Sacagawea ve Rex yardımcı olmaktadır. Başında Joshua Bassett’in olduğu ekip, müzenin içinde Kahmunrah’ın adamlarına karşı mücadele vermektedir. Koridorlarda, salonlarda ve kapalı bölümlerde peş peşe tehlikeler yaşanmaktadır. Nick, hem müzeyi kurtarmaya hem de gece vardiyasını felakete çevirmemeye çalışmaktadır.