Neşeli Madagascar, Madagascar ekibinin Noel arifesinde evlerine dönmeye çalışırken başlarına gelenleri anlatıyor. Alex, Marty, Melman ve Gloria, kendi yaptıkları sıcak hava balonuyla adadan kaçmaya çalışır. Yolculukları, kırmızı gece cini diye bildikleri lemur grubuyla yarıda kesilir. Kral Julien, o günün önemli bir zaman olduğunu söyler. Ardından kırmızı gece cini ortaya çıkar ve adaya kömür yağdırır. Alex onu durdurur, ama bu kişinin Noel Baba olduğu anlaşılır. Yaşanan bir kaza, Noel Baba'nın hafızasını siler. Dört arkadaş, hediyeleri yetiştirmek ve sonra kızağıyla New York'a dönmek için plan yapar. Ancak ren geyikleri yalnızca Noel Baba'yı dinlediği için işler kolay ilerlemez. Penguins de kendi planlarıyla devreye girer.