Ninja Kaplumbağalar: Gölgelerin İçinden, Shredder yenildikten sonra şehri korumayı sürdüren dört kaplumbağanın yeni bir tehditle karşı karşıya kalmasını anlatıyor. Leonardo, Raphael, Donatello ve Michelangelo sokaklarda devriye gezerken, Shredder'ın adamları yeniden ortaya çıkıyor. April, izini sürdüğü gizli bir planın peşine düşüyor ve kaplumbağalara haber veriyor. Bu sırada Baxter Stockman, Bebop ve Rocksteady ile birlikte tehlikeli bir kaçış başlatıyor. Kaplumbağalar, eski düşmanlarıyla yeniden yüzleşirken şehirde peş peşe çatışmalar yaşanıyor. Onlar saldırıları durdurmaya çalışıyor, karşılarına çıkan yeni tehdit büyüyor. Dave Green'in yönettiği film.