Leonardo, New York sokaklarında kaybolan kardeşlerini arayan disiplinli bir kaplumbağadır. Splinter ile birlikte şehrin farklı noktalarına koşar, ipuçlarını takip eder ve suçluların artan baskısıyla uğraşır. Arama onları yeraltı tünellerine, terk edilmiş binalara ve tehlikeli çatılara götürür. Leonardo liderliği elinde tutmaya çalışırken ekip dağılan düzenini toparlamaya çabalıyor. April O'Neil rolünde Sarah Michelle Gellar var. Donatello, Raphael ve Michelangelo ise ayrı yerlerde zor durumda kalır. Bu sırada eski düşmanlar yeniden ortaya çıkar ve her karşılaşma işi biraz daha zorlaştırır. Splinter, geçmişten gelen bağları kullanarak iz sürmeye devam eder. Leonardo, kardeşlerini bulmak için sokak sokak ilerlerken şehirdeki baskınları da durdurmaya çalışır.