2044 yılında Krang ordusu dünyayı işgal etmeye hazırlanırken, tüm Ninja Kaplumbağalar ölmüş, ustaları da öğrencisi Casey Jones’u geçmişe yollamıştır. Casey günümüze ulaşır ve kaplumbağaları yaklaşan tehdide karşı toplamaya çalışır. Leo rolüyle Ben Schwartz, ekibin içinde öne çıkarken Raph, Donnie ve Mikey ile birlikte çalınan bir anahtarın peşine düşer. Ancak Foot Ninjalar anahtarı kapar ve arayış metro tünellerine uzanır. Leo ile Raph arasında sert bir tartışma da büyür, çünkü Leo’nun sorumsuz tavrı ekip içinde huzursuzluk yaratır. Casey, kaplumbağalarla birlikte portalı kapatmak için zamana karşı ilerlerken, Krang’ın gücü onları geri çekilmeye zorlar.