Ninja'nın İntikamı'te, Raizo küçük yaşta büyütüldüğü yerden ayrılır ve Ozunu’nun yönettiği klanın karşısına geçer. Bu karar, onu eski düzenin içine yeniden çeker. Takeshi ile aralarında sert bir hesaplaşma başlar, Raizo hem kılıcıyla hem de geçmişiyle mücadele eder. Mika, onun izini sürerken Maslow da peşine düşer ve olaylar hızla büyür. Raizo, yetimhanedeki anılarını ve çocukluğundan kalan yaraları taşıyordur. Ozunu, onu geri getirmek için adamlarını gönderir. Raizo ise kendi yolunu bulmaya çalışıyor, ama her adımda daha ağır bir bedel öder. Sonunda karşısına çıkan bu hesaplaşmada, Raizo kimliğini koruyabilecek midir?