Mortal Kombat : Yokoluş, Liu Kang ve arkadaşlarının Dünya Krallığı’nı Shao Kahn’ın saldırısından korumak için verdiği savaşı anlatıyor. Shang Tsung, yenilgisinin ardından Baraka’yı Wu Shi Akademisi’ne gönderir. Ödül töreni sırasında akademi kuşatılır, Liu Kang, Kung Lao, Sonya Blade ve Johnny Cage saldırıyı durdurmaya çalışır. Sonya Blade kaçırılır, birçok Shaolin öğrencisi ölür. Liu Kang ve Kung Lao, Raiden’in yardımıyla Reptile, Baraka ve Goro’yu alt etmeye çalışır. Kitana’nın verdiği ipucu ile Shang Tsung’un izi Foundry’ye çıkar. İki savaşçı, Shao Kahn’ın önünü kesmek için Shang Tsung ve Kintaro’ya karşı son bir mücadeleye girer, ama bu savaşın sonu gerçekten onların lehine mi olacaktır?