Pan'ın Labirenti, 1944 İspanya'sında Ofelia'nın, üvey babası Vidal'in baskısı altında, bir labirentte Pan ile karşılaşmasını ve onun verdiği görevleri yerine getirmeye çalışmasını anlatıyor. Ofelia, hamile annesi Carmen ile Vidal'in yanına taşınır. Vidal, isyancıları bastırmak için sert yöntemler uygular ve evde korku yaratır. Ofelia, evin yakınında eski bir labirent bulur ve burada Fauno ile tanışır. Fauno, ondan birkaç tehlikeli görev yapmasını ister. Ofelia bu görevleri yerine getirmeye çalışırken, çevresinde savaşın sertliği büyür. Carmen'in sağlığı bozulur, Vidal'in baskısı artar ve Ofelia iki dünya arasında kalır.