Rurouni Kenshin: Kökenler, geçmişinde kanlı bir suikastçı olan Kenshin Himura’nın, şimdi gezgin bir samuray olarak insanlara yardım etmeye çalışmasını anlatıyor. Kenshin ve Kaoru Kamiya, yol üstünde bir köye uğruyor. Burada köylülerin bir çetenin baskısı altında yaşadığını görüyorlar. Kenshin, onlara yardım etmeye karar veriyor ve çetenin adamlarıyla karşı karşıya geliyor. Bu sırada eski düşmanlarından biri ortaya çıkıyor ve Kenshin’i geçmişindeki karanlık günlerle yüzleştiriyor. Kaoru’nun desteğiyle kendini toparlamaya çalışan Kenshin, çetenin lideriyle son bir kavgaya giriyor. Bu mücadele, onu hem beden hem de akıl olarak zorluyor.