Rurouni Kenshin: Efsanenin Sonu'te, Shishio demir kaplı gemisiyle yola çıkar ve Meiji hükümetini devirmeye hazırlanır. Kenshin ise eski ustasının yanına gidip son tekniği öğrenmeye çalışır. Zaman daralır, Kaoru’nun hayatı ve ülkenin gidişi tehlikeye girer. Takeru Sato’nun Kenshin Himura’sı, yaralarını saklayarak yeniden kılıç kuşanır. Sanosuke, Megumi ve Yahiko da onun yanında yer alır. Kenshin, eski düşmanlarıyla yüzleşirken içindeki tereddütle de savaşır. Şehirde çatışma büyür, herkes son karşılaşmaya doğru ilerler. Shishio ile hesaplaşma anı yaklaşıyor, sonuç ise çok sert olacaktır.