Kenshin Himura, barış içinde yaşamak isterken Kyoto’dan gelen tehdit haberiyle yeniden yola çıkar. Makoto Shishio, Meiji hükümetini yıkmak için adamlarını toplar ve ülkeyi savaşa sürüklemeye hazırlanır. Kenshin, geçmişte bıraktığı kılıcını yeniden eline alır ve bu kez kendi huzuru ile ülkenin geleceği arasında sıkışır. Kaoru Kamiya, Sanosuke Sagara, Yahiko Myojin ve Megumi Takani, onu bu zor yolda yalnız bırakmaz. Ancak Kenshin, karşısındaki düşmanlarla savaşırken eski yaralarının da peşinden geldiğini fark eder. Her adımda daha ağır bir seçim yapmak zorunda kalır. Şimdi onun önünde hem Şishio ile hesaplaşmak hem de kendi inancını korumak vardır, peki Kenshin bu savaştan sağ çıkmayı başarabilecek midir?