İki yıl önce dağılmış olan Mystery Inc. ekibi, Spooky Adası’na çağrılmaktadır. Adanın sahibi Emile Mondavarious, burada doğaüstü olaylar yaşandığını düşünmektedir. Spring Break sırasında garip vakalar artınca, Fred, Daphne, Shaggy, Velma ve Scooby Doo yeniden bir araya gelmektedir. Her biri kendi tavrını sürdürse de, adada karşılarına çıkan olayları birlikte çözmek zorunda kalmaktadırlar. Tuhaf sesler, korkutan görüntüler ve gizemli izler peş peşe ortaya çıkmaktadır. Ekip, adanın çevresinde dolaşan bu olayların kaynağını araştırırken, aralarındaki eski uyuşmazlıkları da geride bırakmaya çalışmaktadır.