Scooby-Doo, gizemleri çözmeye çalışan ürkek ama sadık bir köpektir. Velma, kardeşi Madelyn’i görmek için ekibi Whirlen Merlin Magic Academy’ye götürür. Okulda büyü gösterileri için hazırlık yapıldığını öğrenirler. Ayrıca çevrede dev bir griffin görüldüğü söylentisi yayılmıştır. Fred ve Daphne, okulun çevresini araştırır. Shaggy ile Scooby ise koridorlarda kaybolmadan ilerlemeye çalışır. Gece olunca okulun yanındaki ormanda garip gölgeler belirir. Ekip, bulduğu izleri birleştirir ve okulda olanların sanıldığı kadar sıradan olmadığını fark eder. Madelyn’in güvenliği ve okulun çevresindeki tuhaf olaylar, onları daha derin bir soruşturmaya iter.