Scooby-Doo! and Krypto, Too!'te, Adalet Birliği üyeleri bir anda ortadan kaybolunca Scooby, Shaggy, Daphne ve Velma olayı araştırmaya başlıyor. Ekip, ipuçlarını toplamak için şehirde dolaşıyor, ama karşılarına çıkan tuzaklar işleri zorlaştırıyor. Tam bu sırada Süpermen’in köpeği Krypto onlara katılıyor ve arama daha da hızlanıyor. Scooby-Doo rolünde Frank Welker var. J.B. ekibe yardım ederken, ekip kaybolan kahramanların izini sokak sokak sürüyor. Krypto’nun gücüyle engelleri aşmaya çalışıyorlar, ancak her adımda yeni bir tehlike çıkıyor. Sonunda ipuçları onları beklemedikleri bir yere götürüyor, peki Adalet Birliği’ni bulmadan önce karşılarına kim çıkacak?